JGAデータセット作成方法(GRCh37)
JGA-NGSデータ
JGAに寄託された個人レベルのゲノムデータをリファレンス配列GRCh37を用いてバリアントコールしました。 下記の解析ツール群を一括実行可能な解析パイプラインソフト(アメリエフ社製 BioReT Ver.3.3.1.1)を利用しました。
プログラム名 | バージョン |
---|---|
qcleaner | 4.1.0 |
SAM tools | 1.6 |
FastQC | 0.11.5 |
calcCoverage | 1.7 |
BWA | 0.7.16a |
igvtools | 2.3.98 |
Picard | 2.13.2 |
GATK | 3.8.0-ge9d806836 |
SnpEff | v4.3_core |
bedtools | 2.13.3 |